Jean-Baptiste de Couagne a su allier diligence et intégrité, demeurant neutre au milieu des conflits personnels et des querelles de juridictions qui ont marqué l’administration de Verville. Même ses plus implacables ennemis s’accordaient à reconnaître en lui un homme indispensable, entièrement dévoué à sa charge.

Une fois établi, Jean-Baptiste de Couagne n’a jamais quitté Louisbourg sinon pour se rendre au Canada régler des affaires de famille. Après le décès de sa femme, sa santé commença à décliner. Il a gravi lentement les échelons des grades dans les troupes de marine. Lieutenant en 1719, capitaine réformé en 1732, il conserva ce grade jusqu'à sa mort.

Parmi les tâches qu’on lui assigna spécifiquement, on note en 1716, le relevé topographique du rivage à l’intention des pêcheurs de Louisbourg ; En 1719, il esquissa les plans des casernes pour les nouvelles troupes et dirigea des travaux de réfection d’une boulangerie et des quartiers des officiers. On lui doit le tracé des plans d’une maison pour le commissaire ordonnateur en 1721 et la préparation en 1723 d’ouvrages provisoires de défense contre d’éventuelles attaques de pirates.

Devenu veuf, il se remarie le 1er octobre 1737 avec Marie-Josèphe d’Entremont, fille de Charles, seigneur de Pobomcoup et de Marguerite Landry. Il décédera en 1740.

De son union avec Marguerite Madeleine de Couagne, sept enfants naissent :

Marie-Françoise en 1722
Marguerite1724
Jeanne Charlotte  en 1725
Etienne en 1726
Michel en 1727
Marie-Louise  1728
Anne  en 1730

C’est par Marie-Françoise que les deux branches de Gannes seront à nouveau réunies le 24 mai 1751.